公益法人や非営利型法人でも、基準期間（前々事業年度）における課税売上高が１千万円を超える場合には、普通法人と同様に消費税の課税事業者になります。

　ただし、これらの法人は、補助金、交付金、寄付金等の収入の割合が高いことから、この対価性のない収入を原資として課税仕入れを行ったものまで仕入税額控除の対象にすると本来納付すべき消費税より実際に納付する消費税が過少になってしまいます。

　そこで、公益法人を含む社団法人や財団法人については、通常の方法により計算される仕入税額控除について調整を行い、補助金等の対価性のない収入（特定収入）により賄われる課税仕入れ等に係る税額について、仕入税額控除の対象から除外することとしています。